Фамилия Шимукова — женская форма фамилии Шимуков, и её разбор стоит начать с того, что это типичная «патронимическая» фамилия, образованная от мужского имени или прозвища с помощью суффикса -ов. Но здесь есть тонкость: в основе лежит неканоническое, скорее всего, разговорное имя Шимук. В русской ономастике суффикс -ук (и его вариант -юк) характерен для западнорусских, украинских и белорусских земель, где он часто обозначал «сына» или «маленького»: Иванук — сын Ивана. Соответственно, Шимук — это уменьшительная или сыновняя форма от имени Шимон (простонародный вариант библейского Симеон, реже — польское Szymon). То есть Шимук — это «маленький Шимон» или «сын Шимона».

Фамилия Шимуков, а значит и Шимукова, географически тяготеет к юго-западу России, Брянской, Смоленской областям, а также к Беларуси и Украине. В этих регионах имя Шимон было распространено среди православных и католиков, и фамилия могла возникнуть независимо в нескольких семьях. Мужская форма Шимуков закрепилась, когда носителя прозвища Шимук записали по отцу: «чей? — Шимуков», то есть потомок Шимука.

Альтернативная версия, которую иногда выдвигают, — происхождение от тюркского корня «шим» (сравни с татарским «шим» — «жирный» или «тучный»), но она маловероятна. Во-первых, суффикс -ук/-юк не характерен для тюркских фамилий. Во-вторых, фамилия Шимуков встречается в основном в славянском ареале, а не в татарской среде. Поэтому версия с именем Шимон — основная и самая обоснованная.

Что касается сословной принадлежности: Шимуковы могли быть крестьянами, мещанами или казаками. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, но это не значит, что среди её носителей не было зажиточных людей. В XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах Черниговской, Могилёвской и Смоленской губерний. Таким образом, предки современной носительницы фамилии Шимукова, скорее всего, были выходцами из западнорусских или белорусских земель, а их родоначальника звали Шимон (в быту — Шимук).