Фамилия Шинчихин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, образованное от глагола с яркой эмоциональной окраской. Главная загадка здесь — корень «шин-». Он не связан ни с распространённым тюркским «шин» (правда, истина), ни с китайскими корнями, которые иногда приписывают подобным фамилиям. Вероятнее всего, в основе лежит диалектный глагол «ши́нчить» или «ши́нькать» — в русских говорах (особенно вологодских, архангельских) это означало «капризничать, плакать, ныть, привередничать». Человека, который часто хныкал, жаловался или был излишне требовательным, могли прозвать Шинча или Шинчиха. Суффикс «-их-» в фамилии Шинчихин указывает на принадлежность к роду по женской линии: «чей?» — «Шинчихин», то есть сын или потомок Шинчихи (женщины, носившей прозвище Шинчиха). Такая модель характерна для северных и сибирских регионов России, где фамилии на «-их» и «-ых» встречаются особенно часто.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с искажённым личным именем. В дохристианской Руси существовало имя Шинька — уменьшительная форма от Шиня, которое, в свою очередь, могло быть производным от Шиш (прозвище по шишке, выпуклости) или от общеславянского «шити» (шить). Однако в этом случае ожидалась бы фамилия Шинькин или Шинин, а не Шинчихин. Форма с «-их-» и звуком «ч» (Шинча → Шинчиха) убедительнее ложится на прозвищную версию: «чинчить» или «шинчать» — фонетические варианты того же диалектного слова.

Географически фамилия Шинчихин тяготеет к Вологодской области и Забайкалью, что подтверждает её севернорусское происхождение (через миграцию на восток). Встречается она крайне редко, поэтому носители, скорее всего, связаны общим предком. Социально это однозначно крестьянская фамилия — в среде духовенства или дворянства такие модели (с суффиксом «-их-») практически не встречались. Исходное прозвище Шинча, скорее всего, дали не в насмешку, а как бытовую характеристику, которая со временем утратила негативный оттенок и закрепилась в роду.