Фамилия Шинкеева — редкий случай, когда в основе почти наверняка лежит не русское, а тюркское прозвище или имя. Судя по суффиксу -ев, это вариант написания фамилии, которая в исходной форме звучала бы как Шинкеев. Такое окончание указывает на русское оформление фамилии, но корень выдает иноязычное происхождение.

Скорее всего, в основе лежит тюркское имя Шинке (или Шинкай). В тюркских языках «шин» может означать «верный», «правдивый», а также быть частью сложных имен. Есть версия, что Шинке — это фонетический вариант имени Чингиз, но это спорно: слишком далекое звучание для прямого заимствования. Правдоподобнее, что имя Шинке образовано от корня со значением «сила», «крепость» или же является прозвищем человека с определенной внешностью — например, с «широким» лицом (от тюркского «шин» — широкий). В любом случае, исходное слово было личным именем или прозвищем, а фамилия образована по модели «сын Шинке»: Шинке + ев (русский патронимический суффикс).

По географии фамилия Шинкеева тяготеет к Поволжью и Южному Уралу — регионам, где исторически смешивались русские, татары, башкиры и другие тюркские народы. В татарской среде распространена фамилия Шинкеев, а женская форма Шинкеева могла закрепиться через метрические записи. Встречается она и у мордвы-эрзи, что не удивительно: финно-угорские народы также контактировали с тюрками. В русских переписных книгах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались у служилых татар или крещеных инородцев.

Примечательно, что ударение в фамилии чаще падает на второй слог: Шинке́ева, а не Ши́нкеева. Это согласуется с тюркским произношением, где ударение обычно не на первом слоге. Встречается и вариант Шинкеев — без окончания -а, но женская форма по документам встречается чаще, так как многие носительницы фамилии — женщины.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Можно вспомнить разве что Шинкаренко (украинская, от «шинкарь» — содержатель кабака), но это совсем другая этимология. Родственными по тюркскому корню будут Шингарев, Шиндяев — у них схожая модель образования, но разная основа. Так что Шинкеева стоит особняком: это фамилия-загадка, которая хранит память о тюркском имени, почти исчезнувшем из бытового обихода.