Фамилия Шинкеев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается нерусская основа. С точки зрения словообразования это типичная патронимическая фамилия на -ев, то есть «сын Шинкея». Но само имя Шинкей, скорее всего, не славянское, а тюркское или, с меньшей вероятностью, финно-угорское.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское личное имя Шинке (или Шинкей), которое могло быть уменьшительной формой от более длинного имени. В тюркских языках корень «шин» может означать «истина», «верность» или «надежность». Имя Шинке могло звучать как ласковое прозвище — «верный», «правдивый». Есть и другая версия: связь с диалектным словом «шинк» — так в некоторых тюркских говорах называли мелкую монету или «чешую». Тогда Шинкей — прозвище человека, связанного с торговлей, деньгами или, возможно, сборщика податей.

Менее распространённая гипотеза отсылает к финно-угорским корням, где «шин» могло означать «глаз» или «зрение». В этом случае Шинкей — прозвище зоркого, внимательного человека. Однако, учитывая географию фамилии (она чаще встречается в Поволжье и Приуралье, где веками жили тюркские народы), тюркская версия выглядит убедительнее.

Фамилия Шинкеев — редкая, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, она возникла в среде крещёных татар или башкир, где тюркские имена адаптировали под русскую модель фамилий. Поскольку окончание -ев, а не -ин, это указывает на то, что имя отца оканчивалось на согласный или -й (Шинкей). Носитель фамилии — потомок человека, которого в деревне знали как Шинкея, и это прозвище закрепилось за его семьёй.