Фамилия Шипилина образована от прозвища Шипила. Это прозвище, скорее всего, образовано от славянской основы со значением «шипеть». Следовательно, Шипилой могли прозвать человека с нечеткой речью, шепелявым произношением или тихим голосом. Менее вероятно, что прозвище Шипила ведёт начало от нарицательного «шип» в значении «колючка». Таким образом, это прозвище мог получить острый на язык человек, способный своей иронией уколоть окружающих, подобно шипу. Однокоренные именования встречаются в документах начиная с с XV века: так, в Новгородских писцовых книгах записаны крестьяне Филка Шипуля (1495 год) и Тимошка Шипиля (1539 год). Так и прозвище Шипила закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шипилин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шипила, со временем получил фамилию Шипилин.