Фамилия Шипилева — женская форма фамилии Шипилев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шипиль. Слово «шипиль» в русских говорах имело несколько значений, и фамилия могла возникнуть в разных бытовых контекстах.

Самая прямая версия — от слова «шип» или «шипиль» в значении «колючка», «острый выступ». Прозвище Шипиль могли дать человеку с колким, язвительным характером, острым на язык. В северных и сибирских говорах «шипилем» называли шило или острый инструмент для прокалывания — тогда прозвище могло закрепиться за сапожником или кожевником, работавшим с шилом. Наконец, в некоторых диалектах «шипиль» означало тонкую, сухую ветку, хворостину — прозвище для высокого и худого человека.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный (Шипиль → Шипилев). Это типичный патроним (отчество) или прозвание по отцу: «чей?» — Шипилев, то есть сын Шипиля. Суффикс -ин здесь невозможен, потому что основа оканчивается на согласный, а не на -а/-я.

Географически фамилия Шипилевы встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях — там, где диалектное слово «шипиль» было в ходу. Встречается также вариант Шипилёв с ударением на последний слог, что может указывать на южнорусское или украинское происхождение, но основная масса носителей — из северорусского ареала.

В дореволюционных переписях Шипилевы фиксировались в основном среди крестьян и мещан, реже — среди духовенства. Дворянских родов с этой фамилией не известно. Словообразовательно фамилия родственна более частым Шипову, Шипицыну, Шипкову, но отличается именно суффиксом -ев и исходной формой на «-ль», что делает её менее распространённой, но хорошо опознаваемой в северных говорах.