Фамилия Шиподько звучит необычно для русского уха, но её происхождение укладывается в несколько прозрачных словообразовательных моделей украинско-белорусского пограничья. В основе, скорее всего, лежит прозвище Шиподь или Шипода, образованное от двух корней: «шип» (колючка, острый выступ) и «ода» или «одь» (от «одить» — ходить, бродить, или от «ода» — путь). Буквально такое прозвище могли дать человеку с колким, задиристым характером — «ходит, как шип», то есть цепляется ко всем. Впрочем, возможна и более бытовая версия: прозвище для того, кто ходил босиком или неаккуратно и постоянно наступал на шипы, чертополох.

Суффикс -ко типичен для украинских и южнорусских фамилий, он указывает на уменьшительность или принадлежность: «Шиподько» — буквально «маленький Шиподь» или «сын Шиподя». Такая модель (прозвище + -ко) в XVI–XVII веках была массовой на территории современных Черниговской, Полтавской, Сумской областей, а также в южных районах Беларуси. Фамилия Шиподько могла закрепиться за казаком, крестьянином или мещанином — сословной привязки нет, но ареал бытования указывает на среднее Поднепровье.

Встречаются варианты написания: Шиполько, Шиполько, Шиподий. Последний вариант, с окончанием -ий, может указывать на полонизированную запись того же корня. В польских метриках XVIII века можно найти фамилию Szypodzki, что подтверждает гипотезу о прозвищном происхождении от «шип» и «хода» или «дорожный».

Спорной версией является связь с диалектным словом «шиподь» — якобы так в некоторых говорах называли человека с кривыми ногами или хромого. Эта гипотеза слаба, так как слово не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров, а значит, скорее всего, является народной этимологией. Правдоподобнее всё же видеть в основе составное прозвище, описывающее поведение или манеру ходьбы.

Фамилия редкая, не входит в списки ста наиболее распространённых на Украине, но встречается в Запорожской, Днепропетровской и Харьковской областях. В России носители Шиподько — это, как правило, потомки переселенцев с Украины времён Столыпинской реформы или эвакуации XX века.