Фамилия Шипота — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, не прирастив типичных фамильных суффиксов. В русской модели фамилий на -а, -я часто скрываются украинские, белорусские или южнорусские корни. Шипота — скорее всего, украинская или польская по происхождению фамилия, образованная напрямую от прозвища.

Основа — слово «шип» в одном из его значений. Самый прямой вариант: прозвище могли дать человеку колкому на язык, язвительному, с острыми репликами. В говорах «шип» также означало терновник, колючий кустарник — отсюда и «шипота» как заросли шиповника или колючек. Тогда прозвище могло указывать на место жительства: человек, живший у зарослей шиповника, или, в переносном смысле, «колючий», неуживчивый.

Есть и менее очевидная версия, связанная с ремеслом. В диалектах «шип» — это часть деревянной конструкции, шип в столярном деле. «Шипота» могла быть прозвищем плотника или столяра, мастера по соединению деталей шипами. Однако эта версия менее вероятна: для обозначения профессии чаще использовали суффиксы -арь, -ник.

Суффикс -ота в слове «шипота» — редкий для фамилий, но характерный для украинских прозвищ, обозначающих свойство или качество (ср. красота, доброта). То есть Шипота — это не «сын Шипоты», а сам носитель качества. Это указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где отчества и патронимические суффиксы не были обязательны — вероятно, среди казачества или мещан юго-западных земель.

География фамилии сегодня размыта, но по архивным данным XIX века Шипота встречается в Подольской и Киевской губерниях, а также среди запорожских казаков. В современной России фамилия редкая, больше сосредоточена на Украине и в южных областях России.

Однокоренные фамилии — Шипов, Шипилов, Шипков — образованы по другой модели, с суффиксами принадлежности. Шипота стоит особняком: это не «чей-то», а «какой-то». Потому её носители — прямые потомки человека, которого когда-то назвали за характер или место жительства Шипотой.