Фамилия Шиптенко звучит на южнорусский или украинский лад — её выдает суффикс -енко. В украинской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых «родовых» маркеров. Первоначально он означал «маленький» или «сын такого-то»: Шиптенко — буквально «сын Шипты» или «потомок Шипты». Так что искать корень фамилии нужно в прозвище или имени Шипта.

Самой очевидной основой выглядит слово «шип». В русских и украинских говорах так называли не только колючку, но и занозу, острый выступ, а в переносном смысле — колкого, язвительного человека. Прозвище Шипта мог получить тот, кто любил «подпускать шпильки» в разговоре, или, наоборот, человек с колючим характером, неуживчивый. Встречается и другая, менее вероятная версия: от диалектного «шиптать» — шептать, говорить тихо (в некоторых говорах юга России). Если так, то прозвище могло относиться к тихоне или шептуну.

Суффикс -енко в фамилиях такого типа (Шипт-енко) начал активно формироваться в XVI–XVII веках на территории современной Украины, а затем распространился на южнорусские земли, особенно в Слобожанщину и Кубань. Поэтому географически носители фамилии Шиптенко чаще всего встречаются в Украине (особенно восточные области) и в прилегающих регионах России. Сословно это в основном казачество или крестьянство — фамилии на -енко редко встречались в дворянской среде, зато были массовыми среди вольных и реестровых казаков.

Интересно, что фамилия сохранила «редкий» для русского уха согласный -пт- в корне. Сравните с однокоренными фамилиями Шипов, Шипунов, Шиповалов — они образованы от более привычных форм. А Шиптенко стоит особняком: здесь основа не «шип», а «шипта», что говорит о том, что прозвище было устойчивым и передалось по наследству в почти неизменном виде.