Фамилия Шипугин образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или нецерковного имени с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность («чей сын?» — Шипугин). Основа здесь — Шипуга. Этот суффикс типичен для фамилий, произошедших от слов, оканчивающихся на -а или -я, и встречается в северных и центральных областях России так же часто, как и -ов на юге.

Корень «шип-» прозрачен и многозначен. Самое прямое толкование: Шипугой могли назвать колючего, задиристого человека, «шипастого» на язык или неуживчивого. В русских говорах слово «шип» имело и более конкретные значения. В архангельских и вологодских диалектах «шипуга» — это не только колючка, но и небольшая щука, а также металлический наконечник, гвоздь. Прозвище могло закрепиться за мастером, который делал гвозди, шипы для колёс или работал с металлом. Вторая линия — от глагола «шипеть»: человека с хриплым, сиплым голосом или вспыльчивого, «шипящего» от злости, тоже могли окрестить Шипугой.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «шипуга» в значении «шиповник» (кустарник с шипами). В этом случае прозвище могло относиться к человеку, жившему у зарослей шиповника или собиравшему его плоды.

В исторических документах фамилия встречается с XVII века. В переписных книгах Вятского края, например, упоминаются крестьяне Шипугины — это даёт понять, что фамилия бытовала в среде черносошного крестьянства и посадских людей, а не в дворянской среде. Географически Шипугины чаще всего встречаются в Кировской, Нижегородской и Вологодской областях, что подтверждает севернорусский ареал распространения.

Однокоренные фамилии — Шипов, Шипачёв, Шипулин — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Шипугин стоит особняком благодаря суффиксу -уг-, который придавал прозвищу экспрессивный, иногда пренебрежительный оттенок (сравните: «пичуга», «зверюга»). Это указывает на то, что прозвище было ярким, возможно, насмешливым, и закрепилось за конкретным человеком с заметной чертой характера или внешности.