Фамилия Шипухин по своему происхождению — прозвищная, и её разгадка лежит в русских диалектах. Основа «шипух» или «шипуха» в разных говорах имела два основных значения. Первое — бранное или ироничное прозвище для человека, который постоянно шипит, ворчит, говорит с шипением или злобой. Второе, более интересное, связано с растением: шипухой в некоторых регионах называли шиповник, а также колючие кустарники или репейник. Соответственно, прозвище Шипуха могли дать колючему, неуживчивому человеку или обладателю жестких, торчащих волос, похожих на колючки.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шипухин — «сын Шипухи» или человек из семьи Шипухи. Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имен, оканчивающихся на -а. Фамилия Шипухин — «отчество второго порядка», она закрепилась за потомками того самого Шипухи.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Наибольшая концентрация носителей фиксируется в Кировской, Нижегородской областях и в Пермском крае. Это зона бытования севернорусских говоров, где слово «шипуха» (в значении «колючка» или «ворчун») было вполне употребительным. Встречается фамилия и на Урале, что связано с переселенческими потоками.

Стоит различать Шипухина и Шипулина. Хотя корень у них общий (шипеть), суффиксы разные. Шипулин образован от прозвища Шипуля (ласкательная или уменьшительная форма), а Шипухин — от более грубого, «колючего» варианта Шипуха. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные прозвищные модели рассматриваются как типичные для обозначения характера человека через звукоподражательную основу.

Таким образом, Шипухин — это фамилия, прямо описывающая предка: либо его характер (ворчливый, «шипучий»), либо внешность (колючий, как шиповник). Вариант с растением кажется даже более вероятным, так как прозвища по растительному миру были очень распространены на Руси.