Фамилия Шипухов образована от прозвища Шипух, а в основе его лежит глагол «шипеть». В русских говорах слово «шипун» или «шипуха» имело несколько значений. Чаще всего так называли человека с хриплым, сиплым голосом — того, кто говорит «с шипом», с присвистом. Но была и другая, более редкая ветвь значений: в некоторых диалектах «шипухой» называли злую, сварливую женщину, а «шипуном» — брюзгу или ворчуна. Так что прозвище могло отражать либо физическую особенность речи, либо неспокойный нрав его обладателя.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Шипух, указывая на принадлежность — «сын Шипуха» или «из рода Шипуховых». Форма без суффикса -ин (сравни Шипухин) говорит о том, что основа оканчивается на заднеязычный согласный -х, который в русской ономастике обычно даёт именно -ов, а не -ин. Это же правило работает для фамилий типа Кожухов, Петухов, Пастухов.

Интересно, что фамилия Шипухов не слишком распространена, но имеет чёткую географическую привязку. По данным региональных исследований, наибольшая концентрация носителей встречается в Воронежской и Курской областях, а также на юге Центральной России. Это косвенно указывает на южнорусские говоры, где слово «шипуха» было в ходу. В северных и сибирских регионах фамилия почти не фиксируется.

В старинных документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные прозвища: Шип, Шипуля, Шипун. Однако фамилия Шипухов — скорее всего, относительно поздняя, сформировавшаяся уже после отмены крепостного права, когда бывшие крестьяне массово получали фамилии по прозвищам отцов. До этого момента носители могли числиться просто как «Ивашка Шипух» или «Митрофан Шипухов сын».

Версия о связи фамилии с профессией — например, с изготовлением шипов или колющих предметов — маловероятна. Слово «шип» в значении «колючка» или «деталь» дало бы иное окончание (Шипов, Шипков). А вот версия о происхождении от названия птицы «шипуха» (разновидность утки) хоть и существует, но не подтверждается словарями русских говоров — утка-шипуха более известна как «шипун» в орнитологии, и в бытовой речи это название почти не употреблялось. Так что самый надёжный вариант — это прозвище по голосу или характеру.