Фамилия Шипухова — женская форма от Шипухов. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Шипуха. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шипухи), остаётся корень шип-. Слово «шипуха» в русских говорах имеет несколько значений, и именно эта многозначность делает фамилию интересной для разбора.

Самая прямая версия — прозвище дали человеку с колким, язвительным характером. «Шипеть», «шипучий» — такие прозвища в крестьянской среде были меткими и ёмкими, как у героев сказов Бажова. Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным словом «шипуха» в значении «шиповник» (колючий кустарник). В этом случае прозвище мог получить сборщик ягод, живущий у зарослей шиповника, или человек, живший в местности, где такая растительность преобладала.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: основа на -а, -я (Шипуха) плюс патронимический суффикс -ов. Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где преобладал великорусский тип фамилий, — то есть в центральных, северных или поволжских регионах России. В южнорусских и украинских землях скорее встретилась бы форма Шипухин (от основы на -а с другим суффиксом) или Шипуха (без суффикса).

Географически фамилия Шипухов (и Шипухова) не относится к числу сверхраспространённых, но встречается в документах XVII–XVIII веков. В переписных книгах того времени можно найти крестьян и посадских людей с таким прозвищем, что говорит о недворянском происхождении подавляющего большинства носителей. Фамилия не попала в списки столбового дворянства, а значит, предки Шипуховых — скорее всего, крестьяне или ремесленники.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шипулин, Шипков, Шиповалов) показывает, что корень шип- в русской ономастике продуктивен, но формы на -уха встречаются реже — это придаёт фамилии Шипухова оттенок диалектной, «местной» окраски. Такой суффикс (-ух-) характерен для прозвищ, образованных от глаголов или прилагательных, и часто нёс экспрессивный оттенок: Шипуха — не просто «шипящий», а тот, кто постоянно или сильно шипит, брюзжит.

Таким образом, фамилия Шипухова — это память о прозвище предка, которое либо отражало его характер (колкий, как шип), либо было связано с местом жительства или родом занятий. Никакой тайны «потери буквы» или иностранного корня здесь нет: перед нами чисто русская фамилия, образованная по живой модели народного языка.