Фамилия Шипунова образована от прозвища Шипун, которое имеет два основных значения. С одной стороны, в старину Шипуном называли человека с нечеткой речью, шипящим произношением. Однако это прозвище могло указывать и на особенности характера человека. В таком случае Шипуном нарекли человека язвительного (от нарицательного “шип” –“колючка”). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шипун, со временем получил фамилию Шипунова.