Фамилия Шишига — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, без типичных суффиксов -ов или -ин. Она происходит от слова «шишига», которое в русских говорах означало нечистую силу, чертёнка, беса, а также мелкого пакостника или беспокойного человека. В некоторых областях шишигой называли также шип, колючку или занозу — то, что цепляется и мешает. Таким образом, прозвище могли дать либо озорному и непоседливому ребенку, либо человеку со скверным, «колючим» характером.

Слово «шишига» имеет древнюю славянскую основу, родственную глаголу «шишать» (кишеть, шевелиться) и существительному «шиш» — вор, бродяга или бес. В народной демонологии шишига — мелкий дух, который живёт в бане или в лесу, любит путать людей и проказничать. Поэтому прозвище могло быть и обережным: давая ребенку имя нечистой силы, родители надеялись, что злые духи не тронут его, приняв за своего. Такая практика была распространена на Русском Севере.

Фамилия Шишига не имеет географической привязки к одному региону — она встречается разрозненно, чаще в северных и центральных областях России, а также на Урале. Встречаются варианты написания Шишиго и Шишигин, причем последний — результат поздней русификации через притяжательный суффикс. В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от имени или профессии отца, Шишига сохранила форму прямого прозвища, что указывает на её возможное происхождение в среде, где фамилии закреплялись за одним человеком без передачи по наследству — например, у казаков или в крестьянских общинах.

Аналогов у фамилии немного: однокоренные Шишов, Шишаев, Шишкин происходят от других значений слова «шиш» (шишка, возвышение) и не связаны напрямую с нечистой силой. Шишига стоит особняком — это прозвище, которое не переосмыслили в благозвучную форму, а оставили как есть, что делает её одной из самых выразительных в ряду «чертовских» фамилий.