Фамилия Шишмагаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Шишмага. Фамилия Шишмагаев восходит к тюркскому «shishman» – «толстый, добротный, тучный». Скорее всего, это слово легло в основу прозвища Шишмага, которое содержало указание на внешний вид человека.