Фамилия Шишмагаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Шишмага. Фамилия Шишмагаев восходит к тюркскому «shishman» – «толстый, добротный, тучный». Скорее всего, это слово легло в основу прозвища Шишмага, которое содержало указание на внешний вид человека. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Шишмагаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими прозвищем ее родоначальника. О точном месте и времени возникновения фамилии Шишмагаев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Однако бесспорным является тот факт, что фамилия Шишмагаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.