Фамилия Шишмолкин — редкий пример, где основа ясна, а суффикс вызывает вопросы. В ней отчётливо слышен корень «шиш» — в древнерусском языке так называли шип, колючку, а в переносном смысле — острого на язык, задиристого человека или того, кто «шишится», то есть суетится, промышляет мелочью. Вторая часть «-молк-» почти наверняка восходит к глаголу «молкать» (молчать, затихать) или к диалектному «молкнуть» (замолкать). Получается прозвище Шишмолка: человек, который то резко выпаливает колкость, то внезапно замолкает — этакий «шип-молчун». Такие прозвища давали не столько за постоянное свойство, сколько за заметную манеру общения.

Словообразовательная модель нестандартна. Обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Шишмолка → Шишмолкин). Но здесь суффикс -ин присоединён к основе, которая сама по себе уже сложная и редкая. В отличие от типовых «Шишкин» или «Молчанов», Шишмолкин — результат сращения двух корней в одно прозвище, что встречается в русской ономастике нечасто и обычно указывает на индивидуальное, а не родовое прозвище.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где сохранялись диалектные формы глагола «молкать». В переписях XIX века Шишмолкины встречаются в Вятской и Костромской губерниях, но крайне редко. Сословно носители, скорее всего, относились к государственным крестьянам или мещанам — прозвища такого типа редко давали дворянам.

Есть и менее вероятная версия: вторая часть может быть искажением тюркского «молк» (имущество, владение) или финно-угорского корня, но для этого нет надёжных лингвистических оснований. Прозвищная природа Шишмолкина подтверждается тем, что в документах XVII–XVIII веков встречаются формы «Шишмолка», а сама фамилия не имеет параллелей в дворянских родословных книгах.

Если ищете предков, стоит обратить внимание на метрические книги Вятской губернии и окрестностей Костромы — именно там фамилия фиксируется с середины XVIII века. Сейчас Шишмолкины — редкость, но их происхождение говорит о наблюдательности и чувстве юмора тех, кто давал прозвище: подмечена была контрастная черта характера, а не ремесло или место жительства.