Фамилия Шишмолкина — женская форма от Шишмолкин, и её разбор стоит начать с неожиданного места: с суффикса. В ней нет привычных -ов, -ев или -ин, которые образуют фамилии от отчеств или прозвищ. Вместо них — редкий суффикс -к-ин, указывающий на притяжательность: «чей?» — Шишмолкин, то есть «сын или потомок Шишмолки». Такая модель встречается в северных и сибирских говорах, где -к-ин мог присоединяться к прозвищам, оканчивающимся на -ка, или к именам, которые в быту усекали до короткой формы.

Основа — Шишмолк-. Это прозвище, и его корни уходят в диалектную лексику. «Шиш» в русских говорах — не только острый предмет или шишка, но и плут, озорник, мелкий бес. Второй элемент «молк» — скорее всего, вариант глагола «молкать» (умолкать, затихать) или существительного «молк» (тишина). Вместе прозвище могло означать «тихий плут» или «хитрец, который помалкивает» — не злой человек, а себе на уме. Есть и менее вероятная версия: «шишмол» — название какого-то растения или предмета, но словари такой лексемы не фиксируют.

География фамилии узкая. В дореволюционных переписях Шишмолкины встречаются в основном в Вятской губернии (современная Кировская область) и в примыкающих районах Удмуртии. Это район, где оседали старообрядцы и вольнонаёмные крестьяне, и где диалекты сохраняли архаичные словоформы. Фамилия явно недворянская — её носители были, скорее всего, государственными или экономическими крестьянами, возможно, ремесленниками.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить значение. Шишков, Шишаев, Шишмарев — все от «шиша» в значении «плут» или «выскочка». А вот Шишмолкин стоит особняком: вторая часть «молк» добавляет оттенок скрытности, непубличности. В говорах Вятки «шишмол» могли называть человека, который делает мелкие пакости молчком, без скандала.

Сейчас фамилия редкая — её носителей в России, по разрозненным данным, не больше нескольких сотен. Встречается она почти исключительно в женской форме, потому что мужская (Шишмолкин) ещё реже. Если вы ищете свою родословную, стоит обратить внимание на приходские книги юга Кировской области и севера Удмуртии — там, скорее всего, и жил тот самый Шишмолка, от которого пошла фамилия.