Фамилия Шивкина образована от мужской формы Шивкин, и её основа — прозвище или нецерковное имя Шивка. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Шивкин — «сын Шивки» или «человек из рода Шивки». Само слово «шивка» в старых говорах — это уменьшительное от «шива», то есть швея, портной. Однако в данном случае перед нами не женское занятие, а типичная модель прозвища по ремеслу: Шивка могли прозвать мужчину-портного, мастера по шитью одежды. В северных и центральных губерниях России фамилии на -ин с основой от названий профессий встречались часто: Кузнецов, Плотников, Швецов — и Шивкин стоит в том же ряду, но с более редкой, диалектной формой корня.

Есть и другая версия, менее очевидная. В некоторых говорах «шивка» означала «шов» или «рубец», а также могла относиться к детали одежды. В таком случае прозвище могло закрепиться за человеком с заметным шрамом или родинкой — по аналогии с фамилиями Шрамко, Рубцов. Однако эта гипотеза слабее: для прозвищ по внешним приметам чаще использовали слова с более конкретным значением («шрам», «пятно»), тогда как «шивка» в этом смысле почти не встречается в источниках.

Интересно, что фамилия Шивкин встречается в основном в двух регионах: на севере России (Архангельская, Вологодская области) и в Поволжье (Нижегородская, Кировская области). Северная привязка объяснима: там долго сохранялись архаичные диалекты, где слово «шива» было в ходу. В Поволжье же фамилия могла появиться позже, в результате переселения крестьян в XVIII–XIX веках. В отличие от массовых фамилий вроде Кузнецов, Шивкин остаётся редкой — это указывает на узкое, локальное распространение прозвища.

Сословно предки Шивкиных, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — ремесленниками в городах. Если верить первой версии, родоначальник занимался шитьём, и это ремесло могло передаваться по наследству. В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века, но в метрических книгах и ревизских сказках её носители почти не выделяются на общем фоне — типичная крестьянская фамилия, образованная от прозвища по профессии.