Фамилия Шкамардин — одна из тех, где ключ к разгадке лежит не в имени, а в прозвище, причём прозвище это звучит неласково. В её основе лежит диалектное слово «шкамарда» — так в южнорусских и украинских говорах называли свалку, драку, потасовку, а также шумный скандал. Соответственно, Шкамардой в народе могли прозвать задиру, буяна, человека неуживчивого и склонного к ссорам. В некоторых областях слово имело и более узкое значение — «оборванец» или «неряха», то есть прозвище могло характеризовать внешний вид, а не характер.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом принадлежности -ин. Если бы прозвище Шкамарда принадлежало отцу, то его сын становился Шкамардиным — «сын Шкамарды». Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, и это указывает на то, что фамилия, скорее всего, сложилась в центральных или южных регионах России, где такая модель широко распространена.

Интересно, что фамилия Шкамардин встречается в основном в двух ареалах: на юге России (особенно в Ростовской области и Краснодарском крае) и на Урале. Это может говорить о миграционных потоках: либо казачье население принесло фамилию на Дон, либо, наоборот, переселенцы из южных губерний закрепили её за Уралом. В любом случае, географическая привязка к говорам, где слово «шкамарда» было в ходу, подтверждает его прозвищное, а не книжное происхождение.

Родственные фамилии — Шкамардов, Шкамарёв, Шкамара — встречаются реже, но все они восходят к тому же корню. В написании фамилии возможна путаница: в документах иногда фиксировали вариант Шкомардин, что связано с акающим произношением в южных говорах. Первые письменные упоминания фамилии, по данным разрозненных архивных записей, относятся к концу XVIII века, когда в ревизских сказках Воронежской губернии фигурировали крестьяне с этой фамилией.