Фамилия Шкабардина — женская форма, а мужская, Шкабардин, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Шкабардин — «сын Шкабарды» или «человек из семьи Шкабарды». Значит, ключ к происхождению — в слове «шкабарда».

Самая вероятная версия связывает основу с диалектным глаголом «шкабардать» или «шкабардиться». В южнорусских и украинских говорах это слово означало «шататься», «болтаться», «колотиться» — например, о плохо закреплённой двери, о хлипкой повозке, о человеке, который ходит вразвалку или постоянно суетится без толку. Прозвище Шкабарда могли дать неуклюжему, непоседливому или неаккуратному человеку. В этом же ряду — однокоренные фамилии Шкабара, Шкабарин, Шкабарёв.

Менее распространённая, но не исключённая версия — от названия предмета. В некоторых говорах «шкабарда» — это нечто вроде старой тряпки, лохмотьев, или же железная скоба, задвижка (отсюда же «зашкабарда» — засов). Если так, прозвище могло относиться к бедно одетому человеку либо, наоборот, к мастеру, который делал засовы и скобы.

Фамилия редкая, географически привязана к югу России — в первую очередь к Ростовской области, Краснодарскому краю, а также к востоку Украины. Встречается и у казаков, что неудивительно: прозвищная модель с суффиксом -а (Шкабарда) типична для казачьих фамилий. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с XVIII века, преимущественно у крестьян и однодворцев.

Сословная принадлежность у Шкабардиных, скорее всего, была крестьянской или мещанской — дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет. Но для фамилии, построенной на живом диалектном слове, это нормально: она хранит не генеалогию знати, а бытовую речь предков.