Фамилия Шкапцова — женская форма мужской фамилии Шкапцов, которая образована по типичной для русских фамилий модели с суффиксом -ов. В основе лежит прозвище или профессиональное именование Шкапец. Суффикс -ец в данном случае указывает на принадлежность к чему-либо или носителя признака, а сама основа «шкап» — это диалектный вариант слова «шкаф». В южнорусских и западных говорах «шкапом» называли не только мебель, но и особый вид сундука, ларя, а также сруб, колодезный сруб. Таким образом, Шкапцом могли прозвать человека, который делал шкафы или сундуки — столяра-краснодеревщика, либо того, кто торговал такой мебелью.

Вероятнее всего, фамилия сформировалась в среде ремесленников или крестьян, чей промысел был связан с деревообработкой. В пользу этого говорит и то, что слово «шкап» в значении «сундук» фиксируется в памятниках деловой письменности XVII века. Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Шкап, данного человеку за сходство с предметом: например, за плотное телосложение или скрытный характер («закрытый, как шкаф»).

С точки зрения географии, фамилия Шкапцов и её женская форма Шкапцова встречаются преимущественно в регионах, где были сильны западнорусские говоры: в Смоленской, Брянской, Псковской областях, а также в Беларуси. Это подтверждает и диалектный характер корня. В отличие от более распространённых фамилий на -ов (Иванов, Петров), Шкапцов — редкая, что говорит о её узколокальном происхождении.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шкапцов стоит в одном ряду с Шкаповым, Шкапиным и Шкапским, но отличается суффиксом -ец, который в русской антропонимии часто придавал фамилии оттенок «сын такого-то» или «человек из такой-то среды». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются как характерные для прозвищ, перешедших в фамилии без изменения. Таким образом, предок носительницы фамилии Шкапцова, скорее всего, был мастеровым человеком — столяром или плотником, делавшим шкафы и сундуки, и его ремесло закрепилось в родовом имени.