Фамилия Шкапурина — женская форма фамилии Шкапурин. Разбирать её стоит с мужского варианта, который образован с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Шкапур.

Что такое «шкапур»? Слово это диалектное и довольно редкое. В говорах северных и центральных областей России «шкапурой» или «шкапуриком» могли называть человека невысокого роста, щуплого, субтильного. В некоторых местах слово имело ироничный оттенок — так говорили о том, кто казался «мелковатым» или несерьёзным. Есть и другая версия: в псковских и тверских говорах «шкапура» — это заноза, щепка. Прозвище могли дать либо худому, «занозистому» человеку, либо тому, кто работал с деревом и постоянно «сажал занозы» — столяру или плотнику.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с глаголом «шкапать» (в некоторых говорах — «ковылять», «идти с трудом»). Тогда Шкапурой называли хромого или медлительного человека. Однако эта версия уступает первой: прозвища по внешним признакам встречаются в русской ономастике гораздо чаще, чем по походке.

Фамилия Шкапурин — редкая. Встречается преимущественно в центральных областях России, особенно в Костромской и Ярославской губерниях, где диалектное слово «шкапура» было в ходу. Сословной принадлежности у фамилии нет: её носителями могли быть и крестьяне, и мещане — прозвище давали в любой среде по внешности или занятию.

Таким образом, предок носителей фамилии Шкапурин — скорее всего, человек невысокого роста или худощавого телосложения, возможно, мастеровой, работавший с деревом. Фамилия недвусмысленно указывает на его внешность или профессию, закреплённую в местном говоре.