Фамилия Шкарбатовская — редкая и сложная по составу. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или географическому названию, связанному с польским или западноукраинским словом «szkarłat» или «шкарлат» — старинным названием дорогой красной ткани, багряницы. В старину «шкарлатом» называли не просто красный цвет, а конкретный сорт сукна, который привозили из Италии или Византии. Человек, получивший прозвище Шкарбат (или Шкарлат), мог быть торговцем этой тканью, красильщиком или, что вероятнее, носил одежду из неё — то есть выделялся внешним видом.

Формант «-овск-/-евск-» и окончание «-ая» указывают на типичную модель образования польских и украинских дворянских фамилий, а также фамилий жителей сёл и местечек. Шкарбатовская — это женская форма; мужская, соответственно, Шкарбатовский. Такие фамилии часто давались по названию имения или населённого пункта. Вполне возможно, что существовал хутор или деревня с названием вроде Шкарбатов или Шкарлатово, откуда и пошёл род. Однако в современных географических справочниках такой топоним не фиксируется, что говорит либо о его исчезновении, либо о том, что фамилия образована непосредственно от прозвища.

Обратим внимание на редкий суффикс «-бат-». Он может быть искажением более привычного «-лат» (шкарлат), но также напоминает глагольную основу «шкарбатати» — в некоторых говорах так называли шарканье, шуршание, возможно, связанное с шумом ткани. Вторая версия, менее вероятная, выводит фамилию от диалектного «шкарбати» (чесать, скрести) — тогда прозвище мог получить человек, занимающийся обработкой льна или шерсти. Но первая версия, с красным сукном, выглядит убедительнее: она объясняет и цветовую символику, и социальный оттенок (дорогая одежда).

Фамилия почти не встречается в современных российских справочниках, что указывает на её шляхетское происхождение с территории бывшей Речи Посполитой — скорее всего, из современной Западной Украины или Беларуси. Носители могли быть мещанами или мелкой шляхтой, которые после разделов Польши оказались в Российской империи. Несмотря на редкость, фамилия прозрачна для этимологии: в ней слышен отзвук старинной торговли, ремесла и сословных отличий.