Фамилия Шханукова — одна из тех, что сразу выдают кавказское происхождение. Её основа — осетинское или адыгское (черкесское) мужское имя Шхануко, которое состоит из двух частей: «Шх-» (сравните с адыгским «шхы» — «есть, кушать») и «-нуко» (в осетинском «нук/ныхас» — «речь, слово», либо адыгское «нэкъо» — «сын»). Наиболее вероятное толкование — «сын того, кто (много) ест» или, в переносном смысле, «сын хлебосольного, щедрого человека». В осетинском варианте имя могло означать «речь о хлебе» или «тот, кто говорит о еде», что тоже отсылает к гостеприимству.

Фамилия образована по русской модели: к основе Шхануко добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. В среде адыгов и осетин фамилии часто русифицировались в XIX–XX веках, когда горцев записывали в метрики и ревизские сказки. Мужской вариант — Шхануков. Женское окончание -а в данном случае не указывает на пол носителя, а является стандартным грамматическим оформлением фамилии в русском языке.

Географически фамилия тяготеет к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, реже встречается в Северной Осетии. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, из числа черкесских (адыгских) или осетинских крестьян или воинов. В отличие от многих русских фамилий, Шханукова не связана с ремеслом или прозвищем по внешности — её корень целиком лежит в имени, данном при рождении.

С точки зрения словообразования, фамилия редкая: суффикс -уко (в основе) не типичен для славянских языков, а в кавказских он часто обозначает уменьшительность или принадлежность к роду. Поэтому Шханукова — не просто «фамилия от имени», а указание на родоначальника с конкретным, возможно, подчёркнуто-ироничным или уважительным прозвищем.