Фамилия Шхоян — яркий представитель армянских фамилий, образованных по модели «основа + суффикс -ян». Суффикс -ян (в дореволюционных записях часто -янц) — это патронимический формант, самый распространённый в армянской ономастике. Он указывает на принадлежность к роду: буквально «из рода такого-то» или «сын такого-то». Если фамилия оканчивается на -ян, перед нами почти наверняка армянские корни, и Шхоян здесь не исключение.

Основа фамилии — «Шхо» (или «Шхои»). Скорее всего, это сокращённая или диалектная форма личного имени. Самый вероятный источник — армянское имя Шахан (Шахан) или Шахо, где «шах» означает «царь» или «владыка» (из персидского). В армянском быту такие имена давали с пожеланием силы и власти, но со временем они превратились в фамильные прозвища. Менее вероятная, но возможная версия: связь с топонимом — названием села или местности в исторической Армении, где жили носители этого рода. Например, в Западной Армении (ныне территория Турции) существовали поселения с похожими корнями, но точных письменных подтверждений для фамилии Шхоян нет.

В России фамилия Шхоян встречается нечасто, и её география в основном совпадает с местами расселения армянских общин: Краснодарский край, Ставрополье, Ростовская область, Москва. В дореволюционных метрических книгах и переписях эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её относительно позднем закреплении в письменной форме — скорее всего, в XIX веке, когда армяне массово получали фамилии по отцу или деду. Социальный состав носителей был пёстрым: от крестьян и ремесленников до купцов, но выделить какое-то одно сословие для Шхоян невозможно — данных слишком мало.

Интересная деталь: в некоторых старых записях фамилию могли писать как «Шхоянц» или «Шхоянъ» (с твёрдым знаком на конце). Это не меняет значения, а лишь отражает особенности русской дореволюционной орфографии и местного произношения. Сегодня вариант «Шхоян» — стандартный и единственно верный для паспорта. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то здесь нет очевидных «родственников» вроде Шахоян или Шахназарян — корень «Шхо» стоит особняком, что делает фамилию редкой и локально привязанной к определённому роду.