Фамилия Шехоян — яркий представитель армянских фамилий, образованных по продуктивной модели с суффиксом -ян. Этот суффикс, восходящий к древнему -янц («из рода такого-то»), указывает на принадлежность к определённому роду или происхождение от предка. В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Шехо, которое, в свою очередь, скорее всего, является уменьшительной или видоизменённой формой от армянского имени Шех. Само имя Шех имеет несколько версий происхождения. Наиболее вероятная связывает его с арабским «шейх» — старейшина, глава рода, духовный наставник. В армянской среде это слово могло закрепиться как прозвище для уважаемого, мудрого человека или сельского старосты.

Менее распространённая, но тоже возможная версия возводит основу к армянскому слову «шех» (շեխ) — «кривой», «косой». В таком случае прозвище Шехо могли дать человеку с характерной внешностью или особенностью походки. Однако, учитывая широкое распространение арабских и персидских заимствований в армянском языке после арабских завоеваний, версия с «шейхом» выглядит более убедительной для фамилии, а не для прямого описательного прозвища.

Фамилия Шехоян не имеет жёсткой географической привязки в пределах исторической Армении, но чаще встречается среди потомков выходцев из Западной Армении (территории современной восточной Турции) и регионов, граничащих с Ираном, где влияние арабской и персидской культуры было особенно сильным. В русском языке фамилия сохранила своё оригинальное звучание и не подверглась русификации через суффиксы -ов или -ин, что характерно для поздних волн армянской миграции в XIX–XX веках. Носители фамилии Шехоян — это потомки человека, которого в его общине называли уважительно «шейхом» (старейшиной) либо, по другой версии, «кривым», что со временем превратилось в родовое имя.