Фамилия Шахоян — типичный пример армянской модели фамилии, указывающей на происхождение от личного имени или прозвища. Основу составляет «Шахо» — форма имени Шах, которое восходит к персидскому «шах» (царь, владыка). В армянской ономастике это имя могло даваться как пожелание величия или как указание на должность предка, например, служившего при дворе местного правителя. Суффикс «-ян» (в диалектах также «-янц») означает принадлежность: «из рода Шахо» или «потомок Шахо».

В отличие от русских фамилий, где суффикс меняется в зависимости от окончания основы, армянский «-ян» универсален и не варьируется по падежам. Это делает Шахоян легко узнаваемой: она не требует перестройки в женский или мужской вариант — все члены семьи носят одинаковую форму. Исторически такие фамилии закрепились в Армении в XIX веке, когда начался массовый переход от отчеств к наследственным фамилиям, особенно после вхождения Восточной Армении в состав Российской империи.

Географически фамилия Шахоян чаще всего встречается в областях исторической Армении — в частности, в Шираке, Лори и Арагацотне. В диаспоре носители расселились по всему миру, но особенно много их в России, США и Франции. Интересно, что в некоторых армянских диалектах «шах» могло означать не только титул, но и прозвище для человека с властным или гордым характером — так что исходное прозвище могло описывать не род занятий, а черту личности.

Встречаются и более редкие варианты написания — Шагоян, Шахоянц, но Шахоян остаётся основной формой. Если сравнивать с другими армянскими фамилиями на ту же основу (Шахбазян, Шахвердян), то Шахоян короче и древнее по структуре — она ближе к чистому имени без дополнительных эпитетов.