Фамилия Шагоян — почти со стопроцентной вероятностью армянская. Её выдают характерные суффиксы и корень, который легко ложится на армянскую лексику. В армянском языке фамилии на -ян (и его варианты -янц, -енц) — самый распространённый способ образования: буквально «из рода такого-то». Шагоян, таким образом, означает «из рода Шаго» или «потомок Шаго».

Корень «шаг» здесь не имеет отношения к русскому «шагать». В армянском «шаг» (շահ) означает «царь» или «шах», слово персидского происхождения, прочно вошедшее в обиход. Имя Шаго (или Шаhо) — уменьшительная или народная форма от имени Шаген, Шаварш или других сложных имён с корнем «шаг» (например, Шагандухт — «рождённая шахом»). То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был назван в честь «царя» или «владыки» — либо как знатный человек, либо как обладатель соответствующего имени.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным армянским словом «шаг» (շաղ) в значении «роса» или «мелкий дождь». В этом случае прозвище Шаго могли дать человеку с «влажным» характером или родившемуся в дождливую погоду. Однако первая версия (от «царь») выглядит убедительнее: имена с этим корнем в армянской антропонимии очень часты, а «дождевая» гипотеза остаётся локальной и редкой.

В отличие от русских фамилий, которые часто закрепляли за крестьянами помещики или церковь, армянские фамилии вроде Шагоян долго сохраняли родовой характер. Они не указывали на конкретное ремесло или место жительства, а скорее фиксировали имя основателя рода. Носители фамилии Шагоян могли быть кем угодно: от крестьян до ремесленников, но их объединяло одно — принадлежность к роду, ведущему начало от человека по имени Шаго.

Фамилия распространена в Армении и в диаспоре, особенно среди армян, переехавших в Россию, США и страны Ближнего Востока. В России её часто путают с похожими по звучанию фамилиями других народов Кавказа, но армянское происхождение остаётся основным. Встречаются варианты написания Шагоянц (с более архаичным суффиксом, указывающим на множественность рода), но основной и самый частый — Шагоян.