Фамилия Шкидин образована от прозвища Шкида. В народной речи «шкидой» называли проказливого, озорного человека, склонного к шалостям и несерьёзным выходкам. Слово закрепилось в русских говорах со значением «шалун, проказник», поэтому фамилия прямо указывает на характер предка — скорее всего, его так прозвали за бойкий нрав или любовь к розыгрышам.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин добавляется к основе, оканчивающейся на -а. Шкида → Шкидин означает «сын Шкиды» или «из семьи Шкиды». Такой способ словообразования особенно распространён в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Интересно, что прозвище Шкида не связано с аббревиатурой ШКИД (школа-коммуна имени Достоевского), известной по повести Г. Белых и Л. Пантелеева. Совпадение случайное: народное слово старше советской эпохи. В некоторых говорах у «шкиды» были и другие оттенки — так могли назвать не только озорника, но и неопрятного человека, однако основное значение остаётся проказливым.

Фамилия Шкидин встречается нечасто. По данным открытых источников, её носители живут преимущественно в центральной России и Поволжье, что согласуется с ареалом фамилий на -ин. Однокоренные варианты — Шкидов, Шкидченко — редки и образованы по другим моделям (суффиксы -ов и -енко). Таким образом, фамилия Шкидин сохранила память о живом народном прозвище, которое давали человеку с весёлым и непоседливым характером.