Фамилия Шкидина — женская форма, мужской вариант — Шкидин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шкида. Слово «шкида» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них породило фамилию, нужно присмотреться к географии и словообразованию.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкидин — «сын Шкиды». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я (ср. Гвоздин, Козин). Само слово «шкида» в диалектах означало либо «шалун, проказник» (от «шкидить» — озорничать, воровать по мелочи), либо «щербина, зазубрина» (от «шкида» — скол, трещина). Первая версия кажется более правдоподобной: прозвище Шкида могли дать бойкому, неспокойному человеку, который постоянно «шкидил» — то есть проказничал или тайком брал чужое. Вторая версия слабее: прозвища по внешним дефектам обычно образовывались от более конкретных слов (Шишка, Кривой), а «шкида» в значении «зазубрина» — слишком редкое и терминологичное.

Фамилия Шкидин фиксируется преимущественно в центрально-чернозёмных областях России (Курская, Воронежская, Белгородская) и на юге. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища. Ономастический словарь Б. Унбегауна не выделяет эту фамилию отдельно, но модель с суффиксом -ин от прозвищ на -а типична для русской антропонимии XVI–XVII веков, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по имени или прозвищу отца.

Редкость фамилии делает её особенно ценной для генеалогии: если вы носитель Шкидиной, велика вероятность, что все носители восходят к одному предку, получившему прозвище Шкида в небольшой сельской общине. Следов дворянского происхождения у фамилии нет — это крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждается её диалектной основой.