Фамилия Шкиптанёв — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с морским делом, но не напрямую, а через искажённое заимствование. Корень здесь — «шкиптан», вариант слова «шкипер» (от нидерл. schipper — капитан, шкипер). В русских говорах, особенно на Севере и в приморских областях, голландское слово обросло просторечными формами: «шкиптан», «шкиптён», «шкиптя» — так в быту называли капитана небольшого судна или старшего на корабле. Суффикс -ёв указывает на принадлежность: Шкиптанёв — «сын шкиптана» или «человек из семьи шкиптана».

Модель образования типична для русских фамилий, но основа необычна. В отличие от фамилий на -ин (типа Шкиперов, Шкиптанов), суффикс -ёв под ударением характерен для прозвищ, которые перешли в фамилии в устной, а не письменной традиции. Фамилия могла закрепиться за потомками не столько капитана, сколько человека, которого в округе звали Шкиптаном — за профессию, за манеру поведения («командирский» характер) или за то, что он когда-то служил на судне. Учитывая редкость фамилии, её географический ареал, скорее всего, ограничен регионами, где было развито судоходство: Русский Север, Поволжье или Приазовье.

Вторая версия, менее вероятная, выводит «шкиптан» из диалектного глагола «шкиптать» — шуметь, ворчать, командовать. Но связь с морским термином выглядит убедительнее: ономастический словарь Б. Унбегауна фиксирует целое гнездо фамилий от «шкипер» (Шкиперов, Шкиптанов), причём форма с «-тан» встречается именно как народное переосмысление. Сословно носители фамилии Шкиптанёв скорее всего относились к крестьянам или мещанам — в дворянской среде такие искажённые прозвища не приживались, там предпочитали книжное «Шкиперов».

Интересная деталь: ударение на -ёв указывает, что фамилия возникла в среде, где суффикс произносили с «ё» под ударением (как в «Петров — Пётр»). Если бы основа была «Шкиптан» без ударного суффикса, фамилия звучала бы как Шки́птанов. Разница в одну букву — а история происхождения совсем разная.