Фамилия Шкрабатовская — редкий случай, когда географическая привязка просматривается почти наверняка, а вот с корнем всё сложнее. Она явно образована по польско-украинской модели с суффиксом -овск-/-евск-, который в женском роде даёт окончание -ая. Это указывает на то, что первым носителем был мужчина Шкрабатовский, а его потомки (жена или дочь) получили такую форму. Такие фамилии чаще всего давались по названию населённого пункта — скорее всего, существовало или существует село Шкрабатов, Шкрабатово или Шкрабатовка. Где именно — вопрос открытый: топонимы с корнем «шкраб» встречаются на западе Украины и в восточной Польше, в зоне исторического влияния Речи Посполитой.

Корень «шкраб» — самый спорный элемент. Самое прямое объяснение: это западноукраинский или польский диалектный вариант слова «скраб», то есть «имущество, скарб, пожитки». В таком случае Шкрабат — человек, который что-то копит, скряга, либо, наоборот, тот, кто ведает чужим добром (ключник, эконом). Вторая версия, менее вероятная, но упоминаемая в любительской ономастике: связь с чешским «škrabat» — «царапать, скрести». Это могло быть прозвищем писаря или человека с неровным почерком, но для украинского и польского ареала такое значение нехарактерно, там скорее бы сказали «дряпати».

Суффикс -ат- в основе (Шкраб-ат) мог указывать на обладателя признака: Шкрабат — тот, у кого много шкраба, то есть зажиточный крестьянин. Либо это патронимический суффикс, как в именах типа «Фомат» (от Фома), но для фамилии Шкрабатовский такое маловероятно — основа неканоническая.

Сословно носители фамилии, судя по суффиксу -ский, скорее всего, относились к шляхте или зажиточному крестьянству, получившему фамилию по месту жительства. В Речи Посполитой окончание -ский было маркером благородного происхождения, но позже его могли перенять и простые люди, переселившиеся в деревню с таким названием.

Написание с буквой «ш» в начале — устойчивое, но в старых метриках могло встречаться и как «Скрабатовская» (через «с»), если записывали со слуха. Современная форма закрепилась в православной и греко-католической среде западных областей Украины и Беларуси. Известных широкой публике носителей фамилии нет, что типично для локальных фамилий, не попавших в столичные переписи.