Фамилия Шкута образована от прозвища Шкут. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного, заимствованного из голландского языка и обозначающее парусное военное или транспортное (реже рыболовное) судно, распространенное на Балтийском и Каспийском морях, Ладожском и Онежском озерах, а также на реке Волге. Первым шкутом в составе русского флота был 12-пушечный шведский «Виват», захваченный в 1702 г. в бою на Чудском озере. Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Шкут относится к числу так называемых «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть кораблестроителем или моряком. Кроме того, в украинском языке Шкутом называют малорослого мужчину. В таком случае прозвище Шкут отражало особенности внешности предка. Так и прозвище Шкут закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шкута. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шкут, со временем получил фамилию Шкута.