Фамилия Шкутаан — редкая и нестандартная для русского уха. Если отбросить типичные славянские суффиксы, в глаза бросается окончание -ан. Это характерный признак фамилий, образованных от прозвищ или имен на молдавском, румынском или южнославянском языковом субстрате. В восточнославянской традиции суффикс -ан мог добавляться к основе для усиления значения или указания на принадлежность к чему-либо, но в данном случае, скорее всего, мы имеем дело с фамилией, пришедшей из региона, где -ан является полноценным окончанием, а не русским суффиксом.

Основа «Шкут» почти наверняка восходит к диалектному слову «шкут» или «шкута». В южнорусских и украинских говорах, а также в польском и белорусском языках «шкута» — это плоскодонное речное судно, баржа. Прозвище Шкута могли дать человеку, который строил такие лодки, работал на них перевозчиком или был грузчиком на реке. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: «шкута» в некоторых говорах означало «оборванец» или «неопрятный человек», то есть прозвище могло относиться к внешнему виду.

С точки зрения географии, фамилия Шкутаан с двойным «а» в конце — почти наверняка результат русификации или ошибки при записи. Исходная форма могла быть Шкутан (с одним «а») — типичная молдавская или украинская фамилия. Двойное «а» могло появиться при переписи, когда писарь, услышав протяжное окончание, записал его как «аан». В таком случае фамилия означает «сын Шкуты» или «потомок Шкуты», где Шкута — личное прозвище. Социально носители такой фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию, тесно связанному с речным промыслом. Встретить её можно в Бессарабии, на юге Украины или в казачьих областях, где речное судоходство было обычным делом.