Фамилия Шкыльников — редкий случай, где написание напрямую указывает на южнорусское или украинское происхождение. В отличие от более распространённой фамилии Школьников, здесь в корне стоит «ы» — «шкыл». Это не ошибка, а отражение диалектного произношения: в южных и западных говорах звук «и» после шипящих часто переходил в твёрдое «ы». То есть перед нами та же самая основа — «школа», но записанная так, как её слышали в конкретной местности.

Основа фамилии — прозвище Шкыльник. В XIX веке так могли назвать не просто ученика, а человека, имеющего отношение к школе: сельского учителя, писаря при церковно-приходской школе или даже содержателя частного учебного заведения. В малороссийских говорах «шкыльник» — это ещё и насмешливое прозвище для грамотея или, наоборот, для того, кто прикидывается учёным. Суффикс -ник указывает на лицо по роду занятий, а фамильный суффикс -ов — стандартный русский патронимический, означающий «сын Шкыльника» или «из семьи Шкыльниковых».

Словообразовательная модель здесь классическая для восточнославянских фамилий: прозвище на -ник + притяжательный суффикс -ов. Это значит, что фамилия оформилась не раньше конца XVII — начала XVIII века, когда такие модели стали массовыми. В сословном плане Шкыльниковы — скорее всего, выходцы из мещан или государственных крестьян: учителя и писари редко принадлежали к дворянству, но и не были крепостными.

Географически фамилия Шкыльников встречается в основном на юге России и в восточных областях Украины — в Курской, Белгородской, Воронежской, Харьковской губерниях. Именно там диалектное «шкыла» вместо «школа» было нормой. В центральных и северных регионах России фамилия почти не фиксируется — там закрепился вариант Школьников.

Интересная деталь: в переписях XIX века иногда встречается двойное написание — Шкыльников и Шкильников (через «и»), что подтверждает неустойчивость произношения. Но вариант с «ы» — первичный, он сохранил живую народную фонетику, которую позже вытеснило литературное «школа». Так что носитель фамилии Шкыльников может с уверенностью сказать: его предки жили там, где говорили не по-книжному, а по-своему, по-южному.