Фамилия Шкильник — яркий пример того, как прозвище по профессии или характерному занятию закрепилось в качестве родового имени. В её основе лежит украинское или южнорусское слово «шкиль», которое имеет два основных значения. Первое — это «школа» (от латинского schola через польское szkolа). Второе, более вероятное для прозвища — «шкиль» как мастер по изготовлению или ремонту обуви, сапожник. В некоторых говорах так называли и человека, который «школит», то есть учит, муштрует, но в контексте фамилии ремесленная версия выглядит убедительнее.

Модель образования проста и прозрачна: суффикс -ник в славянских языках традиционно указывает на лицо по роду деятельности (ср. «сапожник», «печник», «школьник»). Таким образом, Шкильник — это буквально «сапожник» или, реже, «школьный работник». Фамилия не дворянская и не книжная; она возникла в среде ремесленников и крестьян, где прозвище давали по тому, что человек делал каждый день.

Географически фамилия Шкильник тяготеет к западу и югу России, а также к Украине и Белоруссии. Наибольшая концентрация носителей исторически фиксируется в Черниговской, Киевской и Полтавской губерниях, а также в южных областях России, куда переселялись малороссы. Это косвенно подтверждает украинское происхождение корня: в северных великорусских говорах слово «шкиль» не было распространено.

В русском языке у фамилии есть однокоренные «родственники»: Шкилёв, Шкиль, Шкильков. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами и, следовательно, моделью образования. Шкильник — самая «прозрачная» из них, прямо указывающая на занятие предка. Сложность при разборе может вызвать только неочевидная связь со словом «школа»: если предок был не сапожником, а учителем, то фамилия означает «школьник», но в значении «тот, кто при школе», а не ученик.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Шкильник не упоминается в числе самых частых, что говорит о её относительно узкой региональной распространённости. Однако для носителя это плюс: фамилия сохранила живую связь с конкретным ремеслом, а не растворилась в массе типовых окончаний.