Фамилия Шкырдин — пример на редкость прозрачного прозвищного происхождения, где основа сохранилась почти без изменений. В её основе лежит диалектное слово «шкырда» или «шкырд». В южнорусских и украинских говорах так называли худого, тощего человека, а в некоторых местах — ещё и низкорослого, щуплого. Прозвище Шкырда давали либо ребёнку, родившемуся слабым, либо взрослому, выделявшемуся сухощавым телосложением. Фамилия закрепилась в форме Шкырдин благодаря типичному для русской ономастики суффиксу -ин: он указывает на принадлежность «сын Шкырды» или «из семьи Шкырды».

Интересна и возможная профессиональная версия, хотя она менее распространена. В некоторых говорах «шкырдить» означало скрести, чистить, сдирать кору или шкуру. Если принять эту версию, прозвище Шкырда мог получить кожевник, бондарь или работник, занимавшийся очисткой чего-либо. Однако семантика худобы встречается в словарях чаще и выглядит убедительнее для личного прозвища.

Фамилия редкая и имеет чёткую географическую привязку. Подавляющее большинство носителей Шкырдиных — выходцы из Курской области и прилегающих районов Черноземья. Это типично для фамилий на -ин, образованных от прозвищ с «акающей» основой: в местных говорах слово «шкырда» произносилось с отчётливым «ы» после «ш», что и закрепилось на письме. Встречаются и варианты написания Шкирдин — они могли возникнуть при переписи в других регионах, где «ы» заменяли на «и» по общерусской норме.

С точки зрения социальной истории, Шкырдины относились к крестьянскому сословию. Фамилия не дворянская, не семинарская и не искусственная — она сложилась естественным путём в среде однодворцев или государственных крестьян юга России. По переписным книгам XVIII–XIX веков можно проследить, что Шкырдины компактно жили в сёлах Курского уезда, занимались земледелием и редко покидали родные места.