Фамилия Шкирдин образована от прозвища Шкирда. В южных и центральных говорах России шкирдой называли продолговатую кладь сена, соломы или снопов — то, что в северных областях чаще именуют скирдой. Так могли прозвать человека плотного, коренастого, широкого в плечах, либо того, кто занимался укладкой сена, — работника на сенокосе или крестьянина, чьё хозяйство славилось большими стогами. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Шкирды» или «из семьи Шкирды». Это типичная патронимическая модель для русских фамилий, но в основе здесь не имя, а прозвище по внешности или роду занятий.

Встречается и версия, что Шкирда — диалектная форма слова «шкерда» (чистотел, бородавник), но она менее убедительна: растения редко становятся прозвищами без дополнительной мотивации (например, если человек лечил чистотелом кожные болезни). Основной корень — «шкирд-» — надёжно связывает фамилию с сельскохозяйственным бытом южнорусских регионов. В документах XVII–XVIII веков такие прозвища фиксировались среди однодворцев и государственных крестьян, особенно в Курской, Воронежской и Тамбовской губерниях, где скирдование было привычной частью уборочной страды.

Фамилия Шкирдин нечастая, но не редкая. Её носители встречаются в Центральной России, на Украине и в Поволжье. При переписи фамилия могла менять написание: встречаются варианты Шкирдов, Шкирденко (украинизированная форма), но Шкирдин остаётся основным. В отличие от фамилий с прозрачной профессиональной основой вроде Кузнецов или Мельников, Шкирдин сохраняет связь с конкретным диалектным словом, что делает её интересным примером региональной лексики в русской антропонимии.