Фамилия Шкирины образована от прозвища или нецерковного имени Шкира. В русских говорах слово «шкира» имеет два основных значения: «шкура, кожа» (снятая с убитого животного) и, в переносном смысле, «скупой, жадный человек», который с себя «шкуру» снять готов. Скорее всего, основа фамилии — второе, прозвищное значение. Так могли назвать прижимистого, расчетливого крестьянина или торговца, умеющего выгадать в любой сделке.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкирины — это «дети Шкиры», то есть потомки человека с таким прозвищем. В ономастике это типичная патронимическая модель, распространенная в северных и центральных губерниях России. Географически фамилия встречается преимущественно в Тверской, Псковской и Новгородской областях, что косвенно подтверждает диалектное происхождение слова — именно в этих краях «шкира» в значении «кожа» и «скупец» фиксируется в говорах.

В дореволюционных источниках фамилия Шкириных не принадлежала к дворянским родам. Ее носители — в основном государственные крестьяне, а также ремесленники, занимавшиеся выделкой кож. Связь с кожевенным делом прослеживается: прозвище Шкира мог получить скорняк или мясник, имевший дело со шкурами. Фамилия неоднократно фиксируется в метрических книгах XIX века по Тверской губернии, что позволяет уверенно говорить о ее корнях именно в этом регионе.

Встречается вариант написания с одним «н» — Шкирин, но множественное число (Шкирины) закрепилось в документах как обозначение целой семьи или рода. Сравните с однокоренными фамилиями: Шкуратов, Шкуркин, Шкурин — все они имеют ту же основу, но разные суффиксы, что говорит о независимом, параллельном возникновении в разных местностях. Фамилия Шкириных — редкая, не вошедшая в распространенные списки российских фамилий, но ее прозрачная внутренняя форма позволяет реконструировать характер или занятие предка почти без споров.