Фамилия Шкирко — звонкий пример того, как прозвище, данное человеку по внешности или занятию, закрепилось в роду и превратилось в фамилию. Её основа — украинское или южнорусское слово «шкіра» (кожа). В диалектах так называли не только материал, но и человека: «шкіра» могло быть прозвищем кожевника, скорняка или торговца кожами. Вторая версия, более едкая, — прозвище худого, сухопарого человека, которого дразнили «шкурой» за то, что «кожа да кости». Оба варианта правдоподобны, но первое (по ремеслу) встречается в ономастике чаще: фамилии на -ко, особенно в западных и центральных областях Украины и Беларуси, нередко образовывали от названий профессий.

Суффикс -к- и окончание -о — характерный признак украинской и белорусской модели фамилий. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые передавали принадлежность (Шкиров — «сын Шкира»), форма Шкирко означает прямое прозвище: «человек по прозвищу Шкира». Такие фамилии часто оставались неизменными, не склонялись по падежам в женском роде и фиксировали прозвище как родовое имя уже в XVI–XVII веках. Географически фамилия распространена в Полтавской, Черкасской, Киевской областях Украины, а также в южных районах России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках.

У фамилии есть однокоренные «братья»: Шкир, Шкирёв, Шкиря, Шкирман. Но форма Шкирко — самая показательная для украинской антропонимии. Интересно, что в некоторых говорах слово «шкіра» имело и переносное значение — «жадный, прижимистый человек», что добавляет третий, менее благозвучный, но возможный вариант происхождения. Однако в письменных источниках (например, в реестрах запорожских казаков) фамилии с корнем «шкір-» чаще связывают именно с ремеслом — кожевенное дело было одним из главных в тех краях.

Так что предки Шкирко с высокой вероятностью были мастерами по выделке кож или, реже, людьми с характерной худощавой внешностью. Фамилия не дворянская, не купеческая — она из народной толщи, из среды ремесленников и крестьян, где прозвище говорило само за себя.