Фамилия Шкирин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. Вопреки возможной догадке, она не связана со «шкурой» или «шкуркой» напрямую, хотя на слух это кажется логичным. На самом деле в её основе лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Шкиря (Шкира), а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шкирин, то есть сын или потомок Шкири.

Происхождение самого прозвища Шкиря — предмет спора, но самая убедительная версия отсылает к диалектному слову «шкира» — так в некоторых русских говорах называли скулу, щёку, а то и вообще лицо. Прозвище могли дать человеку с заметными, выдающимися скулами или широким лицом. В ономастике это типичный случай, когда внешняя черта становится фамильным прозвищем, как, скажем, Губа или Нос. Менее вероятна, но всё же возможна связь с глаголом «шкирить» (щуриться, скалиться) — тогда прозвище могло относиться к человеку с характерной ухмылкой или прищуром.

В исторических документах фамилия встречается нечасто, что говорит о её относительно локальном бытовании. Известно, что Шкирины — старинный крестьянский род из южнорусских губерний, в частности из Курской и Орловской областей. Там «шкира» в значении «скула» была в ходу, что подтверждает географическую привязку. Суффикс -ин, а не -ов, тоже типичен для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я, и встречается в фамилиях, образованных от имён и прозвищ с этим окончанием (Дудин, Мишин, Фомин).

С точки зрения словообразовательной модели фамилия Шкирин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Щекин (от «щека») или Лысин (от «лысина») — все они описывают внешность предка. Никакой связи с ремеслом или профессией здесь нет, это чисто прозвищная фамилия. Если искать однокоренные, то в современных фамилиях можно встретить Шкирёв (от той же основы, но с другим суффиксом) и Шкиря (как редкая украинская фамилия). В целом Шкирин — пример того, как фамилия сохранила диалектное слово, почти утраченное в литературном языке, и по ней можно судить о том, как выглядел человек несколько веков назад.