Фамилия Шкирина — женская форма, а мужская — Шкирин. В основе фамилии лежит слово «шкира». В русских говорах так называли кожу, шкуру, особенно снятую с убитого зверя. Прозвище Шкира могли дать либо кожевнику, либо охотнику, либо человеку с грубой, огрубевшей кожей — по внешнему признаку. Связь с ремеслом здесь самая прямая: скорняки, кожевники, шорники в старину составляли заметную прослойку ремесленного люда, и фамилии от их занятий (Кожевников, Скорняков) — одни из самых распространённых. Шкирин стоит в том же ряду, но встречается реже.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шкирин, то есть сын или потомок Шкиры. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. По той же схеме сложились фамилии Шкурин, Шкуркин — они однокоренные, но не тождественные. Шкура могла быть прозвищем человека с толстой кожей или скупого, а Шкира — более диалектный, локальный вариант.

География фамилии Шкирин тяготеет к центральным и южным областям России, особенно к бывшим губерниям с развитым скорняжным промыслом: Тульской, Рязанской, Воронежской. Встречается и на Урале, куда ремесленники переселялись в XVIII–XIX веках. Дворянских родов Шкириных в дореволюционных родословных книгах не отмечено — фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская, что подтверждается её «ремесленным» корнем.

Встречается вариант написания с двумя «н» — Шкиринн, но он редок и, скорее всего, результат ошибки в документах. Правильное написание — с одной «н», по стандартной модели притяжательных прилагательных.