Фамилия Шкирдов образована от прозвища или мирского имени Шкирда. Основа здесь — слово «шкирда», которое в южнорусских и украинских говорах означало «скирда, стог сена или хлеба в копнах». Человек по прозвищу Шкирда мог быть крестьянином, занимавшимся уборкой урожая, либо владельцем большого хозяйства, либо просто плотным, коренастым человеком — по ассоциации с формой стога. Модель типична: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шкирдов — сын Шкирды.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это объясняется диалектной основой: в северных говорах «скирда» звучала бы с начальным «с», а южное «ш» закрепило фамилию именно за этим регионом.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «шкирд» (пастух, скотовод) или с диалектным глаголом «шкирдить» (тащить, воровать). Однако первое объяснение — от сельскохозяйственного термина — правдоподобнее, так как для тюркской версии нет массового подтверждения в источниках, а для южнорусской есть прямая лексическая параллель.

Однокоренные фамилии — Шкирда, Шкирдовский, Шкирденко — встречаются реже, но все они отсылают к той же основе. Фамилия Шкирдов не относится к числу распространённых: в списках частотности она занимает позиции за пределами первой тысячи, что делает её интересным маркером локальной ономастики.