Фамилия Шкырдина — женская форма фамилии Шкырдин, и её происхождение неочевидно: в русском языке нет общеупотребительного слова «шкырда». Однако словообразовательная модель подсказывает два основных пути. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкырдин — «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Шкы́рда. Само прозвище, скорее всего, связано с диалектным глаголом «шкы́ркать» — в некоторых говорах это значит «скоблить, царапать, чистить». Тогда Шкырда — человек, который постоянно скоблит, например, кожу или дерево, или же тот, кто работает с чем-то жёстким и шершавым. Вторая версия — искажённое заимствование: в тюркских языках есть слова типа «шығыр» (скрип, визг) или «шкыр» (свист, звук), но для русской фамилии это менее характерно, так как суффикс -ин — исконно русский.

Фамилия редкая, географически тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где диалектная лексика активнее сохранялась. Встречается в Курской, Воронежской областях, а также на Урале — возможно, в результате переселений. Интересно, что в некоторых говорах «шкырда» означала не только действие, но и предмет: например, скребок для чистки лошадей или инструмент для обработки шкур. Если предок носителя фамилии был кожевником, скорняком или просто занимался грубой ручной работой, прозвище могло закрепиться за ним по профессии.

Однокоренных фамилий мало: Шкырдин, Шкырдов, Шкыря — все они идут от той же основы. В отличие от массовых фамилий на -ов, Шкырдины не были привязаны к боярским или дворянским родам — скорее, это фамилия крестьянская или ремесленная, возникшая в среде, где прозвище давали по характерному занятию или внешнему признаку. Точных исторических записей о первых носителях нет, но по структуре фамилия явно сформировалась не позднее XVII–XVIII веков, когда в русских говорах активно закреплялись подобные прозвища.