Фамилия Шмаглиенко образована от прозвища Шмаглий. Оно, предположительно, образовано от украинского глагола «шмагати», то есть «бить розгами», «резко критиковать, упрекать». Вероятно, именование Шмаглий указывает на род занятий его обладателя. Возможно также, что прозвище Шмаглий отражает особенности характера его носителя. Именование Шмаглий могло принадлежать человеку сурового и строго нрава. Можно также предположить, что прозвище Шмаглий восходит к литовскому прилагательному smagus - «приятный; веселый; удобный; крепкий; сильный» или латышскому прилагательному šmaugs - «стройный, гибкий». В таком случае прозвище Шмаглий могло указывать на внешние особенности человека. Так и прозвище Шмаглий закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шмаглиенко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шмаглий, со временем получил фамилию Шмаглиенко.