Фамилия Шмытаа — редкий случай, где сразу бросается в глаза необычное окончание. Двойная «а» на конце не характерна для русских фамилий, но встречается в фамилиях финно-угорского происхождения, особенно в карельских, вепсских и коми-зырянских. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а фамилия, возникшая на северо-западе России или в Прибалтике, где окончание -аа могло передавать долгий звук или быть результатом адаптации иноязычной основы.

Основа «Шмыт» почти наверняка связана с глаголом «шмыгать». В русских говорах у этого слова несколько значений: быстро ходить, суетиться, а также тереть, натирать. Прозвище Шмыга давали либо очень подвижному, юркому человеку, либо тому, кто постоянно что-то тер или чистил. Встречается и диалектное «шмыт» — обрывок, лоскут, что могло относиться к бедно одетому человеку. Однако в случае с фамилией Шмытаа мы имеем дело не с типичным русским суффиксом -ов/-ев или -ин, а с окончанием, характерным для прибалтийско-финских языков.

Словообразовательная модель здесь иная, чем в русских фамилиях. Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Шмыгин (от прозвища Шмыга) или Шмытов (от Шмыт). Окончание -аа указывает на то, что носитель фамилии, возможно, происходил из среды, где фамилии образовывались по местным правилам: например, в эстонском языке суффикс -аа встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или названий занятий. В таком случае Шмытаа могло означать «сын Шмыты» или просто «человек, которого звали Шмыта».

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии был человеком из финно-угорского этноса (карелы, вепсы, эстонцы), которого за подвижность или за манеру одеваться прозвали русским словом «шмыга», а затем это прозвище оформили по местной модели. Фамилия могла возникнуть в Олонецкой губернии, в Причудье или на территории современной Эстонии, где русские и финно-угорские элементы смешивались веками. Двойная «а» на конце — не опечатка и не ошибка, а маркер именно такого происхождения.