Фамилия Шнанкина — женская форма фамилии Шнанкин, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Корень «шнанк-» не встречается в списке распространённых русских основ, что сразу наводит на мысль о заимствовании или диалектном слове. Самая вероятная версия связывает фамилию с немецким словом «Schenke» — трактир, питейное заведение, или с глаголом «schenken» — дарить, наливать. В немецких говорах «Schenk» — это трактирщик или целовальник. Если предок был выходцем из немецких колонистов (в Поволжье или Причерноморье), его могли прозвать Шнанк — искажённое «Шенк» на русский лад, а затем фамилию русифицировали суффиксом -ин.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — от названия населённого пункта. В Восточной Пруссии (ныне Калининградская область) существовали топонимы вроде Шнакен или Шнанкен. Переселенец оттуда мог получить прозвище по месту выхода, которое затем закрепилось как Шнанкин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шнанкин, то есть сын или потомок Шнанка. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на согласный. Встречаемость фамилии Шнанкина сегодня крайне низкая, она сосредоточена в основном в центральных и южных регионах России, что косвенно подтверждает связь с волной немецкой миграции XVIII–XIX веков. Социальный статус предков, скорее всего, был мещанским или крестьянским — трактирщики, ремесленники или колонисты-земледельцы.