Фамилия Шанкина — женская форма фамилии Шанкин, которая образовалась по самой частотной модели русского языка: с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шанкин — сын Шанки, то есть человека, которого в основе прозвища или имени звали Шанка. Сама основа фамилии — «Шанк-» — неочевидна и заставляет задуматься о её происхождении.

Вероятнее всего, прозвище Шанка восходит к диалектному слову «шанка». В некоторых русских говорах (например, на севере и в Сибири) так называли шапку, головной убор, иногда — меховую шапку. В таком случае прозвище Шанка мог получить человек, который носил заметную, необычную шапку, либо занимался её изготовлением или продажей. Это типичная для русских фамилий «профессиональная» или «предметная» модель: как, скажем, Шапкин или Шапочкин, только с местным диалектным произношением.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркским именем Шанка (уменьшительное от Шан, что может означать «слава» или «почёт»). В таком случае фамилия могла возникнуть в среде смешанного русского и татарского населения, что характерно для Поволжья и южных регионов. Однако эта гипотеза менее убедительна, так как в русских источниках фамилия Шанкин встречается в основном в северных и центральных областях, где тюркское влияние слабее.

Фамилия Шанкина — редкая. Она не входит в списки самых распространённых русских фамилий, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, её носители — потомки одного человека или небольшой группы людей из конкретной местности, где слово «шанка» было в ходу. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных имён, Шанкин — пример того, как прозвище, данное по внешности или ремеслу, закрепилось в роду.